东港杂色蛤是严格的雌雄异体，其性腺为与消化系统紧密联在一起的弥漫性组织。繁殖期根据地理区域而不同，通常在水温20-25°C产卵。从秋末到初冬这一时期性活动进入休止状态。野生环境中配子的形成时间为2-5个月，然后产卵。

          第二次产卵甚至可以出现在同一季节，即2-3个月之后。通过过滤有机物和浮游植物依然丰富的海水，冬季前的恢复阶段有利于能量积累。温度和进食是影响配子形成的两个主要因素，配子形成的最初温度可在8-10°C，然后随海水温度上升而加快。在温度为14-24°C之间时，它的持续时间是5-2个月。在这一温度范围内，菲律宾帘蛤即可产卵。尽管温度是20-22°C，但12°C是临界温度，低于此温度该品种便不能有效产卵。

         饵料的供应将影响所产配子的数量。蛤苗附着之前，幼虫发育持续2-4周。附着大小根据壳长在190-135µm之间。许多外部因素决定野生环境下蛤苗附着是否成功，如温度、盐度和水流。幼虫移动主要依靠风和潮流。添加细砾和小石块可促进天然附苗区的种类补充。幼虫通过将足丝附在小鹅卵石或贝壳片上来完成附着。

         东港杂色蛤的穴居深度，随其个体大小、底质组成和季节的变化而有所不同。个体小的、底质较软的或水温较高的季节，穴居较浅；而个体大的、底质较硬的或在寒冷的冬季，则潜入较深。但总的说来，穴居深度一般多在3-15厘米左右。