东港杂色蛤壳长2.5-5.7厘米。商业规模平均40毫米。是一种常见的贝类动物。壳坚固,壳瓣左右相等;两侧不等,壳顶的喙位于前半部分;外形略呈椭圆形。韧带内嵌,不突出壳面,宽厚棕色的椭圆拱形身体几乎延伸到后部边缘的一半。小月面呈长心形,尽管不特别明显,但壳面有清晰可见的浅色和深色细密的放射肋。盾面缩小至仅与韧带后部边缘相接。放射肋纹和同心生长纹,后者在贝壳的前部和后部变得特别突出,在壳面上构成明显十字交叉的布纹状。生长期明显。左右两壳各具3枚主齿。左壳中心齿及右壳中心齿和后齿分叉。无侧齿。外套窦虽未超过贝壳中部,但是也相对较深,在其下足和外套线之间形成楔形空间。边缘平滑。颜色和花纹差异很大,有白色、黄色或浅褐色,有时带有放射线、条纹、大斑点或深褐色锯齿花纹,较光滑;壳内侧光滑,为白色,略呈橙色,有时壳顶下部多为紫色。
东港杂色蛤贝壳顶稍突出,喙在前部1/3处,于背缘靠前方微向前弯曲。放射肋细密,位于前、后部的较粗大,与同心生长轮脉交织成布纹状。贝壳表面的颜色、花纹变化极大,外观一般有奶油色、棕色、深褐色,有密集褐色或赤褐色组成的带状或斑点和花纹。贝壳内面白色、粉红色、淡灰色或肉红色,从壳顶到腹面有2-3条浅色的色带。